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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  33 lines
  1. *******************************************************
  2. * Eukaryotic RNA polymerases 15 Kd subunits signature *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. In eukaryotes,   there   are   three  different  forms  of  DNA-dependent  RNA
  6. polymerases (EC  2.7.7.6).  Each class of RNA polymerase is assembled from ten
  7. to twelve different polypeptides.
  8.  
  9. It has  recently been shown [1,2] that small subunits of about 15 Kd, found in
  10. polymerase types  I  and II, are highly conserved. Subunits known to belong to
  11. this family are:
  12.  
  13.  - Yeast RPA12 subunit from RNA polymerases I.
  14.  - Yeast RPB9 subunit from RNA polymerase II.
  15.  - Mammalian RPB14.5 (gene POLR2I) from RNA polymerase II.
  16.  - Drosophila RpII15 from RNA polymerase II.
  17.  
  18. These proteins  contain  two set of four cysteine residues that seem to define
  19. two potential  zinc  fingers.  Yeast  RPB9  has  been shown to bind zinc. As a
  20. signature pattern  for these subunits we selected the region that contains the
  21. first of the two zinc fingers.
  22.  
  23. -Consensus pattern: F-C-x-[DE]-C-x(2)-[LIVM](2)-x(12,14)-C-x(2)-C
  24.                     [The four C's are putative zinc ligands]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27. -Last update: June 1994 / First entry.
  28.  
  29. [ 1] Acker J., Wintzerith M., Vigneron M., Kedinger C.
  30.      Nucleic Acids Res. 21:5345-5350(1993).
  31. [ 2] Nogi Y., Yano R., Dodd J., Carles C., Nomura M.
  32.      Mol. Cell. Biol. 13:114-122(1993).
  33.